CENTER FOR BRAIN SCIENCE

BMA

Support Unit for Bio-Material Analysis

サンガーシーケンス解析

サービス概要

サンガー法を用いたDNA配列解析サービスを提供しています。サイクルシーケンス未反応サンプルおよび反応済みサンプルのいずれにも対応し、1サンプルからご依頼いただけます。最短でサンプル受領当日中にデータを返却いたしますが、サンプルの到着時間や混雑状況により返却までの時間は変動する場合がございます。お急ぎのご依頼につきましても、状況に応じて柔軟に対応いたしますので、お気軽にご相談ください。

使用装置

3730xl (Thermo Fisher Scientific)

解析可能長

800bp程度
ただし、サンプルの状態や配列などの要因により、解析できる長さは変わります。

サンプル送付方法

郵送　もしくは　直接持ち込み

納品データ

ファイル拡張子：.txtと.ab1（.phdは応相談）

納品方法：クラウドストレージBOX経由

反応試薬

• BigDye Terminator v1.1 (Thermo Fisher Scientific)
• BigDye Terminator v3.1 (Thermo Fisher Scientific)
• dGTP BigDye Terminator v3.0 (Thermo Fisher Scientific)

オプション

• アルカリ処理

  GC-rich、ヘアピン構造などの高次構造で解読しにくい場合に有効

• ExoSAP酵素処理

  PCR産物を鋳型とする場合、鋳型を精製する代わりに、酵素でサイクルシーケンスに不要なdNTPやPrimerなどを除去する方法

サンプルについて

解析	サイクルシーケンス反応	オプション （ExoSAP/アルカリ処理）		提出サンプル
◯	×	×	→	サイクルシーケンス反応後の反応液を20 µLのままサンプルとして提出
◯	◯	×	→	プライマーおよび鋳型DNAを1本のPCRチューブ　*に混合し、合計8 µLで提出
◯	◯	◯	→	プライマーと鋳型DNAはそれぞれ別のPCRチューブ*に入れ、混合しないようご注意ください。液量はそれぞれ5 µL以上で提出

◯ ： 依頼する　　　× ： 依頼しない

*PCRチューブは0.1/0.2mL を使用してください

サンプル濃度

サイクルシーケンス反応からの場合

オプションなし
鋳型とPrimerをひとつのPCRチューブ　*に混合して提出してください。
合計8 µL以上、鋳型は下表を参考にしてください

オプションあり（アルカリ処理 / ExoSAP処理）
鋳型は下表を参考に5 µL以上（アルカリ処理を希望の場合は、1.5倍入れてください）
Primerは1.0 pmol / µL を5 µL以上

鋳型とPrimerは混合せず、別のPCRチューブ*に入れて提出してください。
　* PCRチューブは0.1/0.2mL を使用してください。

		DNA	Primer	Total
プラスミド		240-480 ng	2.56 pmol	8.0 µL
Cosmid, BAC		0.8-1.6 µg
Genomic DNA		3.2-4.8 µg
PCR産物	100-200 bp	1.6-4.8 ng	1.6 pmol
	200-500 bp	4.8-16 ng
	500-1000 bp	8-32 ng
	1000-2000 bp	16-64 ng
	> 2000 bp	32-80 ng

*この表は目安です。ご自身のサンプルに合わせて調整してください。

解析のみの場合

		DNA	Primer	5x Sequencing Buffer	Dye（原液）	Total
プラスミド		150-300 ng	1.6 pmol	3.5 µL	1.0 µL	8.0 µL
Cosmid, BAC		0.5-1.0 µg
Genomic DNA		2-3 µg
PCR産物	100-200 bp	1-3 ng	1.0 pmol
	200-500 bp	3-10 ng
	500-1000 bp	5-20 ng
	1000-2000 bp	10-40 ng
	> 2000 bp	20-50 ng

※　この表は目安です。ご自身のサンプルに合わせて調整してください。

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